Геологические особенности Южного Урала таковы, что основную массу всех горных пород здесь составляют породы осадочного происхождения. Поэтому в этих местах широкое распространение имеют карстовые процессы, в результате которых под землей образуются пустоты и полости. На этой территории имеется огромное количество пещер и пещерок.
Внутри пещер чаще всего достаточно сухо, встречаются колодцы и завалы. К самым известным можно отнести Капову пещеру, пещеру-пропасть Кутук-Сумган и Сикиязтамакский пещерный град. Одной из самых загадочных считается Игнатьевская пещера.
Капова пещера
По другому Капову пещеру называют Шульган-Таш. Расположена она на правом берегу р. Белая. Это одна из самых крупных пещер Южного Урала. Образована она в доломитах и известняках девонского периода. 
Общая длина ее коридоров составляет более 2000 км. Выделяется она тем, что в ней обнаружены наскальные рисунки эпохи палеолита. Древними художниками на стены нанесены изображения людей, животных и различных сцен жизни древних людей.
Издревле Шульган-Таш является местом поклонения и своеобразным святилищем. С давних времен здесь проводятся обряды посвящения юношей в воины, а также ритуал возрождения Природы.
Кутук-Сумган, пещера-пропасть
Находится эта пещера в Башкортостане, недалеко от п. Нугуш, в междуречье рек Белая и Нугуш. 
Она является самой длинной на Урале. Суммарная длина ее ходов составляет 12 км. Входом служит почти вертикальная пропасть, глубиной 126 м. Эта пропасть пересекает все три яруса Кутук-Сумган. Здесь имеется множество залов, переходящих в узкие гроты. Нижние «этажи» большую часть года находятся под водой. Раньше эти гроты и залы оставались сухими круглый год. Затопляться они начали после реконструкции Юмагузинского водохранилища.
Для спелеологических экспедиций пещера довольно опасна, так как здесь имеется множество ледяных наростов. В 1967 г. в Кутук-Сумгане произошла трагедия – погибли два спелеолога.
Сикиязтамакский пещерный град
Находится этот комплекс на реке Ай возле деревни Сикияз-Тамак. Этот подземный город можно назвать настоящим местом паломничества туристов.
Сикиязтамакский подземный град раскинулся под землей на длину почти в километр. На всей этой протяженности встречается около сорока залов, гротов и небольших пещерок. Археологи, проводившие раскопки в этих полостях, обнаружили здесь следы культур около 8-ми различных эпох. Очень интересен грот Танцевальный, пол которого отличается идеальной ровностью.
Игнатьевская пещера
Это одна из самых загадочных пещер Южного Урала. Когда-то очень давно здесь жил старец Игнатий, по имени которого и была названа пещера. Некоторые считают, что он был беглым монахом, другие уверены, что это был сбежавший брат одного из русских царей. 
Старец находился в пещере постоянно и питался тем, что приносили ему сердобольные местные жители. Однажды к пещере пришла местная девочка. Ей стало жаль старика, и она уговорила его выйти. Согласившись, Игнатий вышел из пещеры. Только один раз взглянув на солнечный свет, старец ослеп. Вернувшись в пещеру, он через некоторое время умер. С тех пор посетители пещеры иногда видят в ней призрак высокого седого старика.